تصوير بالرنين المغناطيسي هو آمن جدا. ولا يوجد مخاطر الصحية مرتبطة بالمجال المغناطيسي أو الموجات الراديوية المستخدمة من قبل الجهاز، ولا أي آثار جانبية قد تم الإبلاغ عنها . لكن المرضى الذين يحملون جهاز تنظيم ضربات القلب أو أنواع معينة من مقاطع تمدد الأوعية الدموية ألا يقوموا بإجراء تصوير بالرنين المغناطيسي.
